───——机关部室
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　　　　　 ├─ 总经理办公室 — 党委办公室 — 工会 — 团委 — 技术部 — 信息中心
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　　　　　 ├─ 水技术研究所 — 企管部 — 人力资源部 — 计划财务部 —保卫部
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　　　　　 ├— 设备部 — 工程部 — 行政部 — 审计部
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　　　　　 ├─ 水质监测中心 — 生产调度中心 — 维修中心 — 客户服务中心
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　　　　　 └─ 水厂建设办 — 物资中心

───——水厂
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　　　　　 ├— 大涌水厂 — 梅林水厂 — 东湖水厂 — 笔架山水厂 — 沙头角水厂
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　　　　　 └— 滨河污水处理厂 — 南山污水处理厂 — 罗芳污水处理厂 — 盐田污水处理厂

───——泵站
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　　　　　 └— 东湖泵站 — 铁岗泵站 — 泵站管理所

───——分公司
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　　　　　 ├─ 罗湖分公司 — 上步分公司 — 福田分公司 — 南山分公司
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　　　　　 └— 盐田分公司 — 西丽分公司 — 工程分公司

───——多种经营企业
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　　　　　 ├─ 开天源自动化工程公司 — 分质供水公司
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　　　　　 ├─ 清源净水器材公司
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　　　　　 ├─ 海滨渡假中心 — 丰源投资发展有限公司
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　　　　　 ├─ 利源供水工程设计咨询公司
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　　　　　 ├─ 兴源供水设备开发公司 — 万德物业管理公司 — 南澳供水公司
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　　　　　 └─ 坪地供水公司